Microbiologia é o estudo científico de microrganismos, aqueles sendo unicelulares (célula única), multicelulares (colônia de células) ou acelulares (ausentes de células; e.g. vírus). A microbiologia abrange várias sub-disciplinas, incluindo virologia, bacteriologia, protistologia, micologia, imunologia e parasitologia.
Os microrganismos eucarióticos possuem organelas ligadas à membrana e incluem fungos e protistas, enquanto os organismos procarióticos – todos os quais são microrganismos – são convencionalmente classificados como desprovidos de organelas ligadas à membrana e incluem Bactérias e Archaea. Os microbiologistas tradicionalmente confiavam na cultura, coloração e microscopia. No entanto, menos de 1% dos micro-organismos presentes em ambientes comuns podem ser cultivados isoladamente usando os meios atuais. Atualmente os micro-organismos que não são cultivados por técnicas tradicionais são identificados por técnicas independentes de cultivo. Microbiologistas têm utilizado ferramentas de biologia molecular, como a sequência do gene 16S rRNA para a identificação e classificação de bactérias e archeas.
A existência de microrganismos foi prevista muitos séculos antes de serem observados pela primeira vez, por exemplo, pelos jainistas na Índia e por Marco Terêncio Varrão na Roma antiga. A primeira observação microscópica registrada foi de corpos frutíferos de fungos, por Robert Hooke em 1666, mas o padre jesuíta Athanasius Kircher foi provavelmente o primeiro a ver micróbios, que ele mencionou ter observado no leite e em material pútrido em 1658. Anton van Leeuwenhoek é considerado como o pai da microbiologia quando observou e fez experiências com organismos microscópicos na década de 1670, usando microscópios simples de seu próprio projeto. A microbiologia científica se desenvolveu no século XIX por meio do trabalho de Louis Pasteur e da microbiologia médica de Robert Koch.
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